山羊CIDE家族基因克隆分析及互作蛋白预测鉴定
2022-02-28分类号:S827
【部门】青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省重点实验室西南民族大学 青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室西南民族大学
【摘要】旨在获得CIDEB、CIDEC基因的CDS,检测该家族基因在山羊不同组织中的表达量,预测其互作蛋白,为进一步揭示CIDE家族基因在脂代谢中的调控网络提供参考。主要利用RT-PCR克隆获得山羊CIDEB、CIDEC基因序列并利用在线工具分析CIDE家族蛋白的生物学特性,并预测其互作蛋白。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测了CIDE家族基因在山羊不同组织中的表达水平,并检测各互作蛋白在其表达水平最高的组织中的表达量,利用SPSS分析其表达量之间的相关性。克隆获得了CIDEB基因CDS区660 bp,共编码219个氨基酸,CIDEC基因CDS区714 bp,编码237个氨基酸。进化树分析显示,山羊CIDEA、CIDEB、CIDEC均与绵羊亲缘关系最近。RT-qPCR检测发现CIDEA、CIDEB、CIDEC基因分别在山羊瘤胃、肝脏、小肠中表达量最高。CIDEA与DFFB和ELOVL3在瘤胃中的表达量具有极显著相关性(P<0.01),与DIO2、TMEM26、PRDM16、PLIN1具有显著相关性(P<0.05)。CIDEB与DFFA和SDR39U1在肝脏中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。CIDEC与PLIN2、GPLD1、ADIPOQ在小肠中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。通过分析发现了与CIDE家族表达量具有相关性的基因,可为进一步揭示CIDE基因在脂质代谢中的作用及其调控网络提供理论基础,且CIDE家族蛋白均为脂滴相关蛋白,也可为进一步研究精确的脂滴形成机制提供参考。
【关键词】山羊 CIDE家族 RT-qPCR 脂滴 基因克隆
【基金】国家重点研发计划(2016YFC0500709);; 四川省科技计划项目(2020JDJQ0010;2021YFYZ0003);; 西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2020SZ31)
【所属期刊栏目】华北农学报
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