【摘要】为了了解硝化型和异养型生物絮团养殖系统的养鱼效果，在硝化组和异养组中试养吉富罗非（GIFT Oreochromis niloticus）幼鱼51 d，比较研究罗非鱼的生长性能、非特异性免疫酶活以及消化酶活性、水体及肠道微生物的群落结构。结果显示，两组罗非鱼的成活率和增重率无显著性差异；异养组罗非鱼的非特异性免疫酶活性显著高于硝化组。硝化组罗非鱼肠道的淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于异养组，异养组的蛋白酶显著高于硝化组。罗非鱼肠道占比前5的优势门均为变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和衣原体门(Chlamydiae)，其中变形菌门是各组中最主要的菌群。硝化型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门(Bacteroidetes)，浮霉菌门(Planctomycetes)；异养型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门，放线菌门。分枝杆菌属(Mycobacterium)是是水体和肠道中最主要的潜在致病菌而Diplorickettsiaceae和邻单胞菌属(Plesiomonas)均保持在较低水平。水体和肠道中除梭菌属(Clostridium)外其余潜在致病菌如气单胞菌属(Aeromonas)，黄杆菌属(Flavobacterium)等含量水平硝化型组均高于异养型组。通过养殖效果，鱼类生化指标以及肠道和水体微生物群落结构的对比结果发现异养型生物絮团更有利于罗非鱼幼鱼的养殖。