基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释
2022-01-04分类号:S791.35
【部门】西华师范大学生命科学学院 西南野生动植物资源保护教育部重点实验室
【摘要】以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes),其中有54 099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。
【关键词】水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释
【基金】西华师范大学科研项目(19B033)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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