毛果杨ZHD家族全基因组水平鉴定及在干旱胁迫下的表达分析
2022-01-29分类号:S792.11
【部门】东北林业大学林木遗传育种国家重点实验室 中国林业科学研究院国家林业和草原局盐碱地研究中心
【摘要】【目的】对毛果杨Populus trichocarpa ZHD (PtrZHD)家族进行生物信息学以及干旱胁迫下表达特性分析,为研究PtrZHD在干旱胁迫中的功能提供参考。【方法】利用生物信息学方法从全基因组水平鉴定出毛果杨ZHD家族全部成员,并对其进化、理化性质、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件和表达特性进行分析。【结果】毛果杨ZHD家族包括21个成员,可分为7个亚家族;有8对同源基因,且非同义替换率(K_a)/同义替换率(K_s)值远小于1。该家族成员理化性质存在差异,但其结构较为保守,均含有Motif 1;启动子区含有数量不等的激素和非生物胁迫响应元件,不同基因之间响应元件的种类存在差异。在毛果杨PtrZHDs中,分别有1、7和13个基因在根、茎和叶组织中具有偏好性表达特征;PtrZHD家族成员对干旱胁迫的响应具有组织和时间表达特异性,在根、茎和叶部组织中各成员的表达量不同,但随着干旱胁迫时间的增加均呈先上升后下降的趋势。【结论】PtrZHD家族基因对干旱胁迫有不同程度的响应,可调控毛果杨对干旱胁迫的应答。图6表2参27
【关键词】毛果杨 ZHD家族基因 生物信息学分析 组织表达 干旱胁迫
【基金】国家自然科学基金资助项目(31770640);; 中央级公益性科研院所基本科研业务费(CAFYBB2020ZA005)
【所属期刊栏目】浙江农林大学学报
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