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杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析

2022-02-21分类号:S567.19

【作者】刘俊  李龙  陈玉龙  刘燕  吴耀松  任闪闪  
【部门】河南中医药大学中医药科学院河南省中医方证信号传导重点实验室  国际竹藤中心国家林业和草原局竹藤科学与技术重点开放实验室  国际竹藤中心安徽太平试验中心  西北农林科技大学林学院  
【摘要】【目的】揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式。【方法】利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析。【结果】杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因,分别命名为EuCOL1~EuCOL8,氨基酸数目为315~469,理论等电点分布范围为5.10~6.47,分子量为35.21~52.65 kDa。亚细胞定位预测均定位在细胞核中,为亲水性蛋白,分布于8条染色体。系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ),分别包含2和6个EuCOLs蛋白,同一亚家族基序具有相似性。EuCOLs基因结构简单,启动子中含有多个光周期响应元件。表达模式分析显示:EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低,EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高,各家族成员表达特征存在差异。蛋白互作预测显示:EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作。【结论】杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域,可能参与叶片发育及杜仲胶的形成。图8表1参56
【关键词】杜仲  CONSTANS-like  生物信息学  表达模式分析
【基金】河南省高等学校重点科研项目(22A360005);; 国家林业和草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室开放基金资助项目(ICBR-2020-05);; 国际竹藤中心安徽太平试验中心开放课题(1632021006-4);; 河南中医药大学博士科研启动基金项目(RSBSJJ2019-04)
【所属期刊栏目】浙江农林大学学报
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