枯草芽孢杆菌BEST195的碳水化合物酶类(CAZymes)的分布与进化分析
2021-06-28分类号:S476
【部门】西南林业大学生物多样性保护学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室
【摘要】【目的】分析枯草芽孢杆菌BEST195的碳水化合物酶类的分布与进化情况,对枯草芽孢杆菌工业菌株的开发利用具有重要意义。【方法】利用CAT在线预测程序对前期获得的102个分泌蛋白序列进行CAZymes预测。【结果】明确枯草芽孢杆菌BEST195中CAZymes的数量为57个,分别为27个GH、21个CBM、2个CE、4个PL、1个GT和2个GH/CBM。同时,通过对上述CAZymes进行遗传关系分析,明确存在GH/PL/CBM、GH/CBM、GH/CBM/CE/PL、GH/CBM/CE/PL/GT等大的类别;以及通过对上述蛋白互作关系分析,发现大部分CAZymes蛋白已具有明显的结构特征和相互作用的关系。【结论】完成了枯草芽孢杆菌BEST195中CAZymes的预测,并明确CAZymes在分类方面尚需进一步细分为亚类,该项目为开展工业菌株发挥CAZymes蛋白功能研究打下了坚实的理论基础。
【关键词】枯草芽孢杆菌BEST195 碳水化合物活性酶 预测程序 遗传关系
【基金】国家自然科学基金项目(31960314);; 云南省应用基础研究计划项目(2018FG001-028);; 西南林业大学大学生创新创业项目(201825)
【所属期刊栏目】西南农业学报
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