【摘要】【目的】为了解栽培丹参rDNA内转录间隔区(ITS)的遗传多样性、系统发育关系和寻找其单核苷酸多态性(SNP)指纹用以准确快速鉴别丹参栽培居群。【方法】采用PCR技术扩增了国内33个地区的42个栽培丹参居群的ITS序列并进行了比较分析。【结果】丹参rDNA的ITS1、5.8SrDNA和ITS2区的长度分别为203～229、164和226～229 bp;其ITS1区长度变化较大,而ITS2区核苷酸变异较大。其SNP变异位点存在于ITS1和ITS2区,变异位点数分别为19和37个,变异率分别为8.30%和16.16%。【结论】基于ITS的SNP指纹只能鉴别3个栽培丹参居群;ITS系统发育树显示,丹参栽培居群之间的亲缘关系与地理来源关系不大。