【摘要】提高自主创新和全要素生产率是中国制造业发展过程中面临的两个重要问题,但如何更好实现二者协调发展则有助于创新驱动战略在制造业中的落实。从系统论视角出发,利用耦合协调原理,测度了中国制造业自主创新与全要素生产率的耦合协调度,并对行业及地区层面的时间演变走势与差异性来源进行了分析。研究发现:(1)中国制造业自主创新与全要素生产率的耦合协调度总体较低,处于轻度失调至中度失调衰退型之间,即制造业自主创新对全要素生产率的促进作用较弱,全要素生产率也未给予自主创新足够的推动。(2)分行业看,技术密集型制造业自主创新与全要素生产率的耦合协调度大于资本和劳动密集型。分地区看,东部制造业自主创新与全要素生产率的耦合协调度大于中部和西部。(3)差异性结果显示,行业间的自主创新与全要素生产率耦合协调度差异在趋同,地区间的差异先缩小后扩大。本研究测度并分析的中国制造业自主创新与全要素生产率耦合协调度结论,有利于进一步深化选择性产业政策,更好实现二者关系的融合发展。