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甘薯基因组bHLH转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

2021-07-15分类号:S531

【作者】黄小芳  毕楚韵  王和寿  陈其俊  胡韵卓  黄碧芳  许明  杨志坚  陈选阳  林世强  
【部门】福建农林大学生命科学学院  福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室  宁德市农业农村局  福建省种子总站  福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室  
【摘要】利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum f. sp.batatas,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分析.结果表明,甘薯bHLH结构域约由54个氨基酸组成,其中21个氨基酸位点保守性在50%以上;74.8%(107个)的家族成员具有E-盒结合活性,56.6%(81个)的家族成员具G-盒结合活性.bHLH基因在15条染色体上的分布不均匀,在1、2、5、6以及14号染色体上分布较多,9和12号染色体上分布较少.MEME分析得到甘薯bHLH转录因子含有5个保守基序,motif 1和motif 2共同组成了bHLH结构域,存在于90%以上的家族成员中;系统进化分析将甘薯bHLH基因家族分为22个亚组.甘薯bHLH转录因子中有6个家族成员响应尖孢镰刀菌胁迫,其中4个基因表达下调,2个基因表达上调;在低温胁迫下甘薯bHLH家族成员中有44个基因表达量发生变化,其中13个基因在4个处理组中表达量均有变化,8个基因表达下调,5个基因表达上调.
【关键词】甘薯  bHLH  转录因子  生物信息学
【基金】福建省科技厅项目(2019N0050)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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