【摘要】为研究益生菌制剂对池塘养殖牙鲆(Paralichthys olivaceus)肠道及环境菌群结构的调控效果，采用高通量测序技术和生物信息学分析手段构建牙鲆肠道、养殖水体、饵料和池塘底泥的16S rDNA基因测序文库，分析不同样品中菌群组成和多样性在益生菌制剂调控过程中的变化趋势。结果显示，添加益生菌制剂后，池塘底泥和牙鲆肠道的菌群多样性升高，且池塘底泥的依然是最高的；而养殖水体的菌群多样性明显下降，并低于牙鲆肠道的。牙鲆肠道中的肠杆菌属(Enterobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度呈上升趋势，不动杆菌属(Acinetobacter)、发光杆菌属(Photobacterium)相对丰度先上升后下降；池塘养殖水体中NS3a＿marine＿group代表的菌属相对丰度先下降后上升；底泥中芽孢杆菌属相对丰度变化最为明显，由最初的3.78%增加到33.64%。养殖牙鲆肠道、养殖水体和底泥中的弧菌属(Vibrio)相对丰度在益生菌制剂添加后出现不同程度的降低。而在水产养殖中，不动杆菌属和弧菌属中的部分菌株通常被认为是重要病原菌。说明益生菌制剂的添加能够一定程度优化鱼体肠道和环境(养殖水体和池塘底泥)菌群结构。相似性分析发现，在饵料不变的条件下，牙鲆肠道与底泥的菌群结构与底泥的更相近；且益生菌产品对池塘底泥和牙鲆肠道菌群的影响较为明显。本研究结果可为池塘养殖过程中微生态制剂筛选和使用提供参考。