【摘要】为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异，为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据，采用Illumina Miseq 高通量测序技术，研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构，并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示，武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似，其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门；底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门；优势菌属为柠檬酸杆菌属（Citrobacter，10.85%）、气单胞菌属（Aeromonas，9.88%）和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group（8.43%）等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门；优势菌属为ZOR0006（9.78%）、拟杆菌属（Bacteroides，5.41%）和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group（3.98%）。韶关地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和变形菌门；优势菌属为柠檬酸杆菌属（Citrobacter，9.31%）、拟杆菌属（4.29%）和[Anaerorhabdus]＿furcosa＿group（4.58%）等。环境因子关联分析结果显示，总悬浮颗粒（TSS）和总磷（TP）对水体细菌群落结构具有显著影响，磷酸盐（PO~(3-)_(4)-P）和化学需氧量（CODcr）对肠道微生物结构具有显著影响。研究表明，不同地区水体、底泥及克氏原螯虾肠道微生物存在一定差异，其中水体与底泥的微生物结构更相似。武汉地区稻虾综合种养系统中水体的微生物多样性最高，对于稳定养殖系统有利。不同地区养殖系统微生物的优势菌门种类没有变化，但是会改变优势菌门和优势菌属的相对丰度。养殖环境中的营养盐含量会对微生物群落结构产生一定程度的影响。