【摘要】为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌（Flavobacterium psychrophilum，F. psychrophilum）的基因组进化及其致病机制，本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序，比较基因组分析及其毒力相关基因的挖掘。基因组测序结果表明，CH06的基因组大小为2 836 981 bp，GC含量为32.56%，注释出2 437个编码基因。ANI分析结果显示，CH06与12株嗜冷黄杆菌的AI值均高于99%。因此，菌株CH06应属于嗜冷黄杆菌分支。基因组序列分析发现，CH06含有5个插入序列、4个基因岛和3个前噬菌体，揭示这些可移动遗传元件推动了CH06的基因组进化。系统进化树和基因组共线性分析发现，CH06与菌株CSF259-93和FPG101亲缘关系较近。分泌系统分析显示CH06中存在完整的Ⅰ型分泌系统(type I secretion system，T1SS)和Ⅸ型分泌系统 (type IX secretion system，T9SS)。我们对所有的2 437个编码蛋白分析并在CH06基因组上鉴定出27种T9SS效应蛋白。此外，CH06中还存在10个组氨酸激酶蛋白和15个反应调节蛋白。这些结果表明CH06可能存在复杂的跨膜分泌毒力因子和感知环境变化并作出反应的机制。本研究对CH06的基因组进化以及毒力相关基因进行分析，为研究我国鱼类病原嗜冷黄杆菌的进化和多样性以及致病机制提供参考。