【摘要】为分析青鱼线粒体蛋白编码基因与体色性状的相关性，筛选出与体色相关的SNP分子标记。本研究选取了5尾广东佛山灰色青鱼和5尾扬州邗江正常体色黑色青鱼的皮肤组织，通过qPCR检测13个线粒体蛋白质编码基因在两种颜色群体皮肤组织中的相对表达量，进行显著性分析。对表达差异最明显的蛋白编码基因CDS区设计引物，并选取78尾佛山灰色青鱼样本和92尾邗江黑色青鱼样本进行测序，根据测序峰图筛选出SNP位点。结果显示，13个线粒体蛋白质编码基因中COII基因相对表达量最高，ND5基因最低，ND4L基因在两种体色青鱼中的表达差异最为明显。在170尾青鱼线粒体ND4L基因上共检测到了2个SNP位点C252T和A243G。佛山灰色群体A243G位点的A、G基因型频率为96.2%、3.8%，C252T位点的T、C基因型频率为38.5%、61.5%。邗江正常体色群体C252T位点的A、G基因型频率为100%、0%，C252T位点的T、C基因型频率为15.2%、84.8%。共检测到3种单倍型AC、AT、GC，AC频率最高，AC和AT在两种体色中均有分布，GC频率最低，仅在正常体色中出现。本实验研究了与青鱼体色相关的线粒体ND4L基因上2个SNP位点的基因型和单倍型的分布情况，为青鱼的体色和生长研究以及青鱼的育种工作提供理论指导。