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基于环境DNA的岩原鲤检测及生物量评估

2021-12-07分类号:S931.1

【作者】闫卉果  董智玲  马婷婷  张连博  王晓艳  叶华  姚维志  何文平  
【部门】西南大学水产学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室  浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心  
【摘要】为建立岩原鲤基于环境DNA(eDNA)的实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,准确鉴别岩原鲤并探讨eDNA浓度与其生物量的定量关系,本研究根据岩原鲤mtDNA中12SrRNA基因序列设计eDNA引物和TaqMan探针,利用PCR扩增出岩原鲤12SrRNA基因的序列,克隆入 pMD19-T载体,构建重组质粒作为qPCR标准;使用梯度稀释质粒标准品作为模板,进行 qPCR扩增,制作标准曲线,建立岩原鲤qPCR检测方法,并评价其特异性、灵敏性和应用效果。结果显示,引物和TaqMan探针对供试的岩原鲤样品出现荧光增长曲线,显示阳性扩增,而其他鱼类和空白对照均未得到扩增信号,表现为阴性;qPCR的阈值循环数(C_(t))与标准品拷贝数的线性关系好,且线性范围广,获得的标准曲线相关系数(R~(2))达到0.999,检测限位DNA浓度为5×10~(-6)ng/μL,扩增效率为94.7%;检测养殖不同数量岩原鲤的水体中eDNA浓度,目标DNA浓度和岩原鲤数量有R~(2)为0.957的线性正相关性,得到岩原鲤DNA浓度与其个体数量的相关性曲线:y=131 546x+77 623;去除岩原鲤后,eDNA的拷贝数与时间负相关,其在水体环境中的存留时间为17天左右。在本研究中,该岩原鲤eDNA引物和TaqMan探针既能应用于水体中岩原鲤的定性检测上,特异性高、时效性好;又能定量检测出环境中岩原鲤的密度,有利于反映出岩原鲤在不同样点的生物量及时空动态,从而为评价岩原鲤人工放流效果和管理保护资源提供参考。
【关键词】岩原鲤  环境DNA  引物  探针  生物量
【基金】National Natural Science Foundation of China (32071651);; Chongqing Municipal Natural Science Foundation (cstc2020jcyj-msxmX0438);; Science and Technology Innovation of Social and People's Livelihood in Chongqing (cstc2016shmszx80087);; the Fundamental Re
【所属期刊栏目】水产学报
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