芸豆盐碱响应NAC转录因子的分子特性分析
2021-09-26分类号:S643.1
【部门】黑龙江八一农垦大学农学院 黑龙江省现代农业栽培技术与作物种质改良重点实验室
【摘要】为进一步揭示芸豆NAC基因在参与调控植物生长发育及对对非生物胁迫反应中的作用,以芸豆耐盐碱品种HYD为试验材料,利用Illumina HiSeq技术,构建了NaHCO_3处理和NaCl处理下的芸豆叶片组织转录组。从转录组数据中共筛选出8个盐碱相关NAC转录因子,并对其进行理化性质分析、系统进化发育分析、磷酸化位点预测、蛋白质二级结构预测、启动子元件分析、基因结构分析、染色体定位分析和表达量分析。结果表明:8个芸豆盐碱响应NAC基因分子量在23 676.36~44 354.33 ku,蛋白编码203~394个氨基酸,等电点在4.74~8.86,其中3个基因编码酸性蛋白,8个基因被分为4个亚族(a~d),分列在8个染色体上,包含3个膜结合蛋白,8个蛋白中丝氨酸数量最多,有10~22个,无规则卷曲结构占比最大,在68%~84.5%,8个基因全部定位在细胞核上。在NaHCO_3处理下,4个基因为上调表达(log2 FC>2),2个为下调表达(log2 FC<-2),NaCl处理下,1个为上调表达(log2 FC>2),4个为下调表达(log2 FC<-2),有3个基因同时响应NaHCO_3和NaCl。在8个基因启动子中共发现10个启动子元件,同时每个基因都包含3~7个元件。表明这些基因都可能参与芸豆的逆境应答。
【关键词】芸豆 NAC转录因子 生物信息学 盐碱胁迫
【基金】国家重点研发计划课题(2018YFD1000704);; 黑龙江省博士后面上基金项目(LBH-Z19195);; 黑龙江八一农垦大学研究生创新科研项目(YJSCX2021-Y48)
【所属期刊栏目】华北农学报
文献传递

