【摘要】通过线粒体D-loop控制区全序列分析了澜沧江上游表村（BC）、叶枝（YZ）、里底(LD)以及乌弄龙(WNL)4个群体，共计77尾短尾高原鳅的遗传多样性，为澜沧江上游短尾高原鳅的遗传多样性现状与种质资源保护提供相关实验数据。结果表明：在921bp的D-loop控制区序列中，共发现变异位点22个，其中单一变异位点8个，简约变异位点14个，定义单倍型21个；澜沧江上游短尾高原鳅群体单倍型多样性指数(H_(d))为0.837～0.942，核酸多样性指数(π)为0.00516～0.00572;其中，里底群体单倍型多样性最高，表村群体最低，且各群体呈现出“高H_(d)低π”遗传多样性模式；分子方差分析(AMOVA)结果表明：短尾高原鳅遗传差异主要来自于群体内部(97.91%)，2.09%遗传变异来自于群体之间；各群体之间不存在遗传分化(F_(st)=-0.0213，P=0.805)；表村和里底群体间遗传距离最远(0.00567)，叶枝和乌弄龙群体遗传距离最近(0.00511)；核酸中性检测结果均不显著(Tajima’s D =0.624，P = 0.737；Fu’s Fs= -0.669，P = 0.377)，核酸错配未呈“泊松”单峰分布均表明澜沧江上游短尾高原鳅近期未经历过种群扩张事件。综上所述，澜沧江上游短尾高原鳅遗传多样性较为丰富，群体间遗传分化程度较低。