【摘要】为全面掌握小石岛刺参国家级水产种质资源保护区状况，于2012～2018年对该保护区的水环境、沉积物环境、海洋生物生态、保护生物资源概况和主要保护对象刺参(Apostichopus japonicas)的遗传多样性进行调查，并分别用单因子污染指数(P_(i))、有机污染指数(A)、生物多样性指数(H′)、线粒体DNA D-loop序列单倍型多样度指数和核苷酸多样度指数进行分析评价。11个航次的监测中，海水除2016年5月无机氮超标(P_(i)=1.08)、2017年8月无机氮超标(P_(i)=1.31)且水质开始受到有机污染(A=1.001)外，其他所有参数均符合海水评价标准。沉积物均符合国家一类质量标准。海洋生物多样性通常处于较高水平(H’≥2)，但2016年5月和2017年8月浮游植物多样性偏低(H’=0.45、H’=0.28)，2018年5月小型浮游动物多样性偏低(H’=0.77)。保护区生物资源丰富，近年来刺参密度从约2个/m~(2)逐渐增加至3～5个/m~(2)。2012年和2018年刺参群体的遗传多样性均较高(单倍型多样度指数为0.995和0.993，核苷酸多样度指数为0.039和0.037)且无显著遗传差异。综合评价认为，该保护区的海洋生态环境和水产种质资源保护良好，但需要防控海水无机氮污染风险。