牡蛎中GⅡ型诺如病毒巢式PCR检测方法的优化与评价
2020-06-08分类号:TS254.7
【部门】上海海洋大学食品学院 农业农村部水产品质量安全贮藏保鲜风险评估实验室
【摘要】为了解决目前巢式PCR法检测牡蛎样品中GⅡ型诺如病毒时存在的非特异性扩增、假阴性等问题,本研究对NCBI数据库中在线获得的所有GⅡ型诺如病毒序列进行系统分析,重新设计出针对GⅡ型诺如病毒检测的通用型巢式PCR引物(NG2OF/NG2OR),并从基因型覆盖度、特异性、灵敏度和实际样品检测的稳定性几个方面对新设计的引物进行评估。结果显示:(1)新引物的特异性好,只对GⅡ型诺如病毒进行有效扩增,且不受牡蛎样品本底的影响。(2)新引物灵敏度高,最低可检测至26.4个拷贝。(3)在对92个牡蛎样品进行检测时,新引物的阳性检出率为28.3%,比经典引物高出7.5%。因此,新建立的GⅡ型诺如病毒巢式PCR检测方法在检测牡蛎样品时特异性更强,灵敏度更高,为牡蛎中诺如病毒的检测提供了一种新的、可靠的技术手段。
【关键词】牡蛎 GⅡ型诺如病毒 巢式PCR 特异性 阳性率
【基金】“十三五”国家重点研发计划重点专项(2017YFC1600703);; 国家自然科学基金(31601570)
【所属期刊栏目】上海海洋大学学报
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