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鱼源致病菌皮特不动杆菌Ap-W20的全基因组序列及其毒力特征分析

2020-06-04分类号:S941

【作者】王超杰  黎洁  王旭  王至诚  王卫民  罗毅  
【部门】华中农业大学水产学院农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室  农业微生物学国家重点实验室  
【摘要】皮特不动杆菌作为一种新兴的鱼源致病菌,为了对该菌的致病机理进行深入研究并给该菌引起的鱼类疾病防治提供技术储备,本研究选取皮特不动杆菌菌株Ap-W20进行了全基因组测序,并对其毒力特征进行了分析。结果发现,Ap-W20全基因组序列总长为4 399 705 bp,GC含量为38.78%,共预测到4 230个编码序列(CDS),存在4个质粒,GenBank数据库登录号为CP027658–CP027662。ANI分析结果证实Ap-W20属于皮特不动杆菌,且Ap-W20与已知人源皮特不动杆菌AP_882(96.69%)和环境源皮特不动杆菌PHEA-2(96.55%)相似度较高。Ap-W20与AP_882、PHEA-2的比较基因组学分析发现,Ap-W20中的基因岛、前噬菌体和质粒数量最多,这很可能与它们各自的分离环境和致病力有关。通过与毒力因子数据库(VFDB)数据库比对,在Ap-W20全基因组中预测到286个毒力基因,主要与黏附和抗吞噬等有关。Ap-W20中还存在I、II和VI型分泌系统、多套双组分调控系统以及细菌素合成基因簇等,表明鱼源皮特不动杆菌可能存在复杂的致病机制。本研究对鱼源皮特不动杆菌全基因组进行了毒力特征分析,为该菌引起的鱼类疾病防治奠定了基础。
【关键词】皮特不动杆菌  全基因组测序  ANI分析  比较基因组学  毒力特征
【基金】国家自然科学基金(31570078)
【所属期刊栏目】水产学报
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