【摘要】采用考虑非期望产出的超效率EBM模型和Theil指数分解法进行创新系统效率测度与区域差异结构性原因分析,并借助Tobit模型对典型影响因素作用路径及强度进行估计检验。研究结果表明:水生态安全下创新系统效率呈现东部、东北、中部、西部阶梯式分布,且表现出差异化发展态势;区域间差异和东部、西部区域内差异是影响整体差异的关键;变量中的经济发展水平、产业结构、教育水平、城镇化、外商直接投资、技术进步对创新系统效率具有不同程度促进作用,而水资源禀赋、对外开放度对其存在负作用。最后,提出提升水生态安全下区域创新系统效率的对策建议。