【摘要】利用传统形态学、耳石形态学和线粒体DNA（mtDNA）部分片段作为标记方法，研究了斑尾刺虾虎鱼和黄鳍刺虾虎鱼的种间差异。结果显示，两种间的第二背鳍鳍棘数、第二背鳍鳍条数、臀鳍鳍棘数、臀鳍鳍条数和脊椎骨数无交叠现象；量度特征的主成分分析的结果显示第一主成分的贡献率达到52.101%，主要反映了鱼体体型的比例，其中与躯干后部特征的相关性最高；依据判别函数的综合判别准确率为100.0%；单因素方差分析显示两种虾虎鱼除吻长、上颌长等头前部指标和与尾部长度相关的指标之间的差异不显著外，其余各指标均存在显著性差异。耳石傅立叶分析的结果与量度特征分析的结果类似，主成分分析的结果显示第一主成分贡献率为12.181%，主要反映了耳石背侧和前后缘的形状特征；依据判别函数的群体综合判别准确率为100.0%。对两种虾虎鱼线粒体DNA的D-loop、COI、16S rRNA、12S rRNA 4个片段序列进行比较分析，基于K-2P模型计算得到两种虾虎鱼种间遗传距离均显著大于种内遗传距离；以六丝钝尾虾虎鱼作为外群，结合GenBank上下载的刺虾虎鱼属其他鱼类的同源序列构建的系统树均显示两种虾虎鱼分别聚类，遗传差异显著。