金黄色葡萄球菌在万古霉素中的表型可塑性
2020-03-18分类号:Q933
【部门】北京林业大学生物科学与技术学院
【摘要】测定了41株金黄色葡萄球菌在无抗生素培养基和含4μg·mL~(-1)万古霉素培养基中的生长曲线,基于双变量全基因组关联分析(GWAS)筛选与表型可塑性显著相关的SNP位点.将14个时间点的显著位点按照-logP值由大到小排列,并筛选出现频率较高且-logP值较大的SNP位点.最终得到9个显著SNPs:位点738 836所在位置为非编码区;位点1 394 043和1 871 317所在基因编码假定蛋白;位点264 897所在基因与药物转运蛋白有关;位点382 501所在基因参与谷氨酸合成;位点2 535 773所在基因编码谷氨酸合酶亚基;位点615 798和1 842 166所在基因分别编码H~+反向转运蛋白亚基A和Ⅰ型限制修饰系统亚基;位点965 494所在基因编码双功能自溶素.双变量GWAS分析表明,表型可塑性与氨基酸合成、离子转运等基因的调控密切相关,但与最低抑菌浓度没有直接关联.
【关键词】表型可塑性 生长表型 双变量GWAS 金黄色葡萄球菌
【基金】北京市优秀人才培养资助项目(2017000020124G276);; 中央高校基本科研业务费专项(2017JC05);; 贵州省科学技术基金项目(黔科合NY字[2012]3028号)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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