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基于RAD-seq简化基因组测序的金湖乌凤鸡遗传进化研究

2020-03-18分类号:S831.2

【作者】韩威  沈华伟  殷建玫  朱云芬  沈海玉  李国辉  薛倩  张会永  苏一军  窦新红  王克华  邹剑敏  
【部门】江苏省家禽科学研究所  福建省畜牧总站  
【摘要】利用RAD-seq简化基因组测序鉴定金湖乌凤鸡与其它18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析金湖乌凤鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果表明,在金湖乌凤鸡中鉴定出SNP标记325 531个,SNP标记在染色体上均匀分布.金湖乌凤鸡的观察杂合度H_o为0.213 6、核苷酸多样度P_i为0.240 4,近交系数F_(is)为0.111 6,与其它18个地方鸡种相比遗传多样性较为丰富;金湖乌凤鸡的平均遗传分化系数F_(st)为0.155 6,平均基因流N_m为1.398 2,在系统发育树中形成一个相对独立的分支.通过F_(st)和θ_π检验,在金湖乌凤鸡中发现23个受选择区域,包含104个受选择基因,功能分析表明这些受选择基因主要富集在代谢过程、发育过程、细胞信号转导等生物学通路.
【关键词】金湖乌凤鸡  简化基因组测序  遗传进化
【基金】江苏省六大人才高峰项目(NY-024);; 扬州市自然科学基金项目(YZ2018098);; 江苏省重点研发计划(现代农业)专项(BE2019353);; 江苏省公益类科研院所自主科研项目(BM2018026)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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