【摘要】从"十一五"到"十三五"初期,我国基础研究快速发展,投入和产出均大幅提升。运用以产出为导向的数据包络分析法,测量该时期我国"双一流"建设大学基础研究创新效率,观测13年间基础研究动态变化趋势,通过投影值分析"双一流"建设大学基础研究投入与产出结构的合理性,挖掘其创新效率存在的优势和薄弱环节,助力我国基础研究良性发展。研究结果显示:三个五年规划对"双一流"建设大学基础研究快速发展具有重要引导作用,"十二五"和"十三五"初期基础研究投入产出结构不合理的"双一流"建设大学数量比例较高,高端人才引进以及具有国际影响力的前沿性成果成为优化高水平大学基础研究投入与产出结构的关键要素。