【摘要】生态补偿分担比例是流域生态补偿实践中面临的重要问题。依据流域生态治理阶段,针对跨省重要水源地生态补偿,提出试行阶段、修复阶段、稳定阶段等3个阶段分担比例确定的思路。试行阶段以污染控制和水质改善为目标,补偿资金由流域上游、下游、国家三方共同分担,且在3年期间国家分担比例逐渐降低;修复阶段以生态资源保护为主,补偿目标是水质与水量同时达标,分担比例以上游、下游水量分配作为依据,双方共同承担;稳定阶段以上下游互利双赢、绿色发展为目标,以机会成本的宏观经济指标作为分担依据。通过对九洲江流域鹤地水库生态补偿的实证研究,补偿资金在3年试行阶段上游广西、下游广东、国家三方承担的比例分别为:第一年25.00%、25.00%、50.00%,第二年28.50%、28.50%、43.00%,第三年33.30%、33.30%、33.30%。修复阶段广西、广东、国家分担比例为39.30%、53.60%、7.1%;稳定阶段广西、广东分担比例为48.60%、51.40%。本文为确定九洲江流域生态补偿分担比例提供参考,并可为建立流域生态补偿长效机制提供依据。