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西伯利亚白刺基因组信息初探

2020-01-16分类号:S793.9

【作者】朱礼明  黎梦娟  张景波  杨秀艳  成铁龙  
【部门】南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  南京林业大学南方现代林业协同创新中心  中国林业科学研究院沙漠林业实验中心  中国林业科学研究院国家林业和草原局盐碱地研究中心  
【摘要】[目的]为了解西伯利亚白刺(Nitraria sibirica Pall)基本基因组信息,如基因组大小、复杂程度等特征。[方法] (1)以西伯利亚白刺的幼苗嫩叶为材料,以番茄为标定,用解离液mG解离叶片后,经流式细胞仪检测细胞悬液,收集细胞并计算西伯利亚白刺的C值。(2)通过构建小片段文库,进行Illumina HiSeq测序并分析测序结果,预估其基因组大小、GC含量、杂合率、重复序列比例等,使用MISA脚本对过滤后数据进行SSR位点分析。[结果]西伯利亚白刺预估全基因组大小为526.30 Mbp,基因组GC含量为36.78%,基因组杂合率为0.90%,重复序列比例为55.39%。对测序数据进行SSR位点标记,共得到521 125个SSR位点,其中,单核苷酸重复为342 883个,占总SSR位点的65.80%。[结论]由各项分析指标推测西伯利亚白刺为复杂基因组,可以采用二代Illumina与三代PacBio测序辅以Hi-C技术联合分析,有利于西伯利亚白刺基因组的组装及基因图谱的获取。
【关键词】西伯利亚白刺  流式细胞术  基因组大小  GC含量  SSR标记
【基金】唐古特白刺SOS信号通路在耐受高盐胁迫中的作用及其表观遗传分析(31770715)
【所属期刊栏目】林业科学研究
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