条斑紫菜单孢子形成相关基因(PyMFG)的特性及其表达差异
2019-12-11分类号:S917.3
【部门】上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心 上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心
【摘要】本实验以条斑紫菜转录组测序筛选得到的差异性表达基因(Contig-21827)序列为基础,采用RT-PCR技术克隆得到了条斑紫菜单孢子形成相关基因PyMFG的完整开放阅读框。对其进行序列分析发现,PyMFG基因的ORF全长为1 224 bp,编码一个包含407个氨基酸的多肽片段,其分子量为46.24 ku,等电点为9.08。结构域分析结果显示,该蛋白含有保守的TEA结构域和YAP结构域,属于TEA-ATTS超家族结构域。通过多序列比对和系统进化分析发现,该蛋白与真菌分生孢子形成蛋白聚为一个大的分支,亲缘关系较近。此外,不同品系间的单孢子放散能力和qRT-PCR分析结果显示,PyMFG基因在PY26W和PY26W’ 品系中的表达趋势与宏观统计结果高度一致,在PY26R和PY26R’ 品系中的表达则与统计结果存在差异。由此推断,父本(PY26W)/偏父本品系(PY26W’)中调控单孢子形成、放散的相关基因种类和具体分子机制与母本(PY26R)/偏母本品系(PY26R’)存在差异,因而导致单孢子的宏观统计结果与荧光定量结果存在差异。
【关键词】条斑紫菜 RNA-Seq 单孢子 PyMFG TEA-ATTS超家族 qRT-PCR
【基金】国家重点研发计划(2018YFD0900606);; 国家自然科学基金(31072208);; 浙江省农业(水产)新品种选育重大科技专项(2016C02055-6);; 江苏省科技计划(现代农业)重点项目(BE2018335);; 福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室开放课题基金(2017fjscq02)
【所属期刊栏目】水产学报
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