【摘要】自然资源部组建后的"两个统一行使"及修改的《行政诉讼法》将行政协议入法,改变了自然资源主管部门单一的行政诉讼被告地位,诉讼地位呈现复杂性的特点。文章通过分析自然资源部门在单方行政行为诉讼、行政协议诉讼、民事诉讼中的不同诉讼地位,梳理出自然资源主管部门在不同诉讼地位上的举证责任规则、行政证据和民事证据规则及举证责任规则等,并对如何规范自然资源主管部门行政应诉和民事诉讼的举证责任行为提出建议。