【摘要】为了适应权责发生制政府综合财务报告制度改革需要,规范行政事业单位会计核算,提高会计信息质量,促进政府公共管理水平提升和职能转变,我国于2019年1月1日起在全国各级各类行政事业单位全面实施新政府会计准则制度。在这种背景下,医院的全面预算绩效管理遇到了更多亟需解决的问题。文章论述了政府会计制度与全面预算绩效管理的关系,在概括分析医院全面预算绩效管理现存问题和应对措施的基础上,结合A公立医院进行实例分析,研究结果显示该医院在全面预算绩效管理中存在不少问题,很难适应新时期发展的需要。针对存在的问题,以政府会计制度为指引,以绩效考核为约束力,提出医院全面预算绩效管理的方案设计。