基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析
2019-11-15分类号：S917.4
【部门】浙江省海洋水产研究所浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站 浙江海洋大学水产学院 中国水产科学研究院长江水产研究所农业农村部水产品质量安全风险评估实验室(武汉)
【摘要】为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。
【关键词】江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-seq SSR 位点信息
【基金】农业农村部农业行业标准制定和修订项目(181721301092371106);; 浙江海洋大学2016-2017年度人才引进科研基金项目;; 浙江省重点研发计划项目(2019C02056)
【所属期刊栏目】淡水渔业
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