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基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析

2019-10-25分类号:S917.4

【作者】黄勇  龚望宝  陈海刚  孙西红  
【部门】河南科技大学动物科技学院  中国水产科学研究院珠江水产研究所  中国水产科学研究院南海水产研究所  广东省渔业生态环境重点实验室  
【摘要】运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201~12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
【关键词】杂交鳢  转录组  unigenes  基因注释
【基金】国家科技支撑计划(2012BAD25B04);; 河南省自然科学基金项目(162300410069);; 河南省高等学校重点科研项目(16A240002);; 广东省渔业生态环境重点实验室开放基金(LFE–2016–13)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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