黄瓜CsamiR399b及其靶基因CsUBC24的生物信息学分析
2019-08-28分类号:S642.2
【部门】河南科技学院园艺园林学院河南省园艺植物资源利用与种质创新工程研究中心
【摘要】为深入研究CsamiR399b对黄瓜果实膨大的影响,对CsamiR399b及其靶基因CsUBC24进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR分析了CsamiR399b的表达特性。结果发现,CsamiR399b前体序列含有完整的茎环结构; CsamiR399b在膨大的黄瓜果实中表达量高于开花当天子房和未膨大子房,证实其参与黄瓜果实膨大调控。对靶基因的生物信息学分析发现,CsUBC24蛋白二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋构成,该蛋白质无信号肽及跨膜结构,定位于细胞核,为可溶性蛋白。系统进化树表明,黄瓜CsUBC24与甜瓜、南瓜和苦瓜等物种UBC24遗传距离较近;通过序列比对和保守域分析发现,各物种UBC24蛋白序列和功能结构域表现出较高的保守性,说明UBC蛋白功能保守。推测CsamiR399b通过调控CsUBC24基因表达参与了黄瓜果实膨大。
【关键词】黄瓜 果实膨大 miR399b 泛素结合酶24 生物信息学分析
【基金】国家自然科学基金项目(31401860);; 河南省高校科技创新人才支持计划(17HASTIT040)
【所属期刊栏目】华北农学报
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