【摘要】为研究本课题组获得的长江、珠江和黑龙江草鱼选育系间完全双列杂交组合遗传多样性及遗传结构的变化情况，本实验采用多重PCR技术对构建的6组杂交组合[珠江♀×黑龙江♂（ZH）、黑龙江♀×珠江♂（HZ）、长江♀×珠江♂（CZ）、长江♀×黑龙江♂（CH）、珠江♀×长江♂（ZC）、黑龙江♀×长江♂（HC）]和3组自交组合[黑龙江♀×黑龙江♂（HH）、长江♀×长江♂（CC）及珠江♀×珠江♂（ZZ）]共9个草鱼组合群体进行了微卫星遗传变异分析。结果显示，9个群体平均等位基因数（N_(a)）为(5.75～12.33)，平均有效等位基因数（N_(e)）为(3.8077～6.3065) ，平均观测杂合度（H_(o)）为(0.7682～0.9036) ，9个草鱼群体均显示出较高的遗传多样性水平，平均期望杂合度（H_(e)）为(0.8385～0.6210)，12个草鱼微卫星位点的多态信息含量（PIC）分别为0.892 、0.823 、0.857 、0.894 、0.927 、0.859 、0.850 、0.859 、0.907 、0.929 、0.879 和0.749，均表现为高度多态位点（PIC=0.749～ 0.929）。基于不同群体的Nei’s遗传相似性和遗传距离构建的UPGMA系统发育树显示，9个群体中黑龙江♀×珠江♂（HZ）与长江♀×珠江♂（CZ）首先聚类，表明两个组合亲缘关系更近，珠江♀×黑龙江♂（ZH）与黑龙江♀×长江♂（HC）组合遗传距离最远。本研究结果将为草鱼目前种质退化现象提供解决思路，为草鱼优良品系的选育提供理论依据。