泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析
2019-06-19分类号:S917.4
【部门】湖南生物机电职业技术学院动物科技系 湖南农业大学动物科技学院 湘西州水产工作站 福建省水产研究所
【摘要】本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonialutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12~20bp的SSR占63.95%,长度为21~25bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2~7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190~0.937,观察杂合度(No)为0.065~0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061~0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)(P
【关键词】泥东风螺 转录组 EST-SSR 遗传多样性
【基金】海洋公益性行业科研专项经费项目(201205021);; 国家自然科学基金(31672640);; 湖南省自然科学基金(2017JJ3134; 2016NK2115);; 湖南省教育厅基金项目(17C0935)共同资助~~
【所属期刊栏目】渔业科学进展
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