【摘要】目的:对北京、上海两市的卫生系统绩效进行评价,寻找影响卫生效率的主要原因,为将来的卫生绩效评价研究提供思路,为进一步完善卫生体系高效发展提供建议。方法:从2010—2016年"全国卫生财务年报""中国卫生统计年鉴"中采取相关数据,基于投入导向的规模报酬不变的假设运用DEAP软件以及MATLAB的Linprog程序,在投入和产出的交叉维度下,计算各省市的效率值并根据松弛向量评估两市相关指标投入过剩或产出不足情况。结果:北京筹资投入的产出效率较低,医师人均担负住院床日产出不足,每千人口卫生技术人员投入过剩,医护比较高;上海设施投入产出效率较低,医院乙类大型设备投入过剩,每千人口医疗卫生机构床位数投入较多。结论:建议北京优化卫生资金分配,提高卫生筹资效率,优化卫生人才队伍人员结构。建议上海提高设施投入的健康产出效率。两市需继续加强分级诊疗建设,进一步提高卫生体系绩效。