【摘要】新时代背景下,我国高校教育体制综合改革和争创"双一流"高水平大学不断深入。高校内部审计人员如何在新形势下开展有效的审计工作,维护高校的合法利益,促进高校的可持续发展,已经成为目前的重要课题之一。高校内部控制审计在高校教育事业的发展中起着重要作用,然而,我国高校内部控制审计仍然面临着诸多问题,导致审计难以起到良好的效果。文章对目前高校内部控制审计所处的时代背景和面临的问题进行分析,并提出了相关的实践经验和探索。