F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化
2019-04-01分类号：S858.26
【部门】扬州大学动物科学与技术学院 南京新九州农牧科技有限公司 江苏西来原生态农业有限公司 扬州大学兽医学院 扬州大学教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室
【摘要】【目的】通过筛选对大肠杆菌(E.coli)F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组(P
【关键词】大肠杆菌F17 lncRNA 湖羊羔羊
【基金】国家自然科学基金(31872333);; 科技部家养动物平台项目;; 江苏省重点研发计划(现代农业)项目(BE2018354);; 江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201739);; 江苏省农业科技自主创新项目(CX(18)2003);; 江苏高校优势学科建设工程资助项目;; 江苏省高校自然科学研究重大项目(17KJA230001);; 江苏省六大高峰人才项目和扬州大学研究生创新工程项目(XKYCX17_060、SJCX18_0804)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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