【摘要】创新发展是我国的重大战略,城市创新是区域创新的主要载体。从城市创新的投入和产出视角,选取了6个层面9个指标作为创新效率的指标评价体系,以中国16个副省级及以上城市为研究单元,采用了聚类分析和基于非导向的SE-SBM模型及Malmquist生产率指数模型,对2014—2016年的城市创新效率进行了测度,并通过Tobit面板回归对影响城市创新效率的因素进行分析。结果表明,深圳、北京的创新能力最高,16个副省级以上城市的综合创新效率差异正在扩大,大部分城市的创新全要素生产率在下降。为进一步提升城市创新效率,需要完善相应的创新成果的转化机制,提高科技成果的转化效率,激发城市内生的创新动力。