【摘要】营改增对公办高校会计科目设置、会计处理方式及处理流程产生较大的影响。本文从公办高校增值税涉税收入的范围入手,明确当前与增值税密切相关的收入主要包括横向科研项目收入在内的服务性收入。然后,根据《增值税会计处理规定》并结合公办高校会计制度和经济业务的特殊性,重新设置了增值税会计核算科目,并在此科目基础上明确了增值税会计核算通用流程和列举了增值税会计核算真实案例。最后对公办高校使用增值税通用流程进行会计核算引起的资产管理混乱和项目收支账目难以理解等问题,提出了假设为价内税的会计核算理论并通过实例进行了解释。