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基于转录组数据的铜藻微卫星标记开发与验证

2019-01-29分类号:S917.3

【作者】刘颖  张鹏  王铁杆  张敏  任鹏  钟晨辉  胡程睿  
【部门】浙江省海洋水产养殖研究所  浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室  福建省水产研究所  
【摘要】根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12~20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5~10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。
【关键词】铜藻  转录组  微卫星标记
【基金】国家海洋公益性行业科研专项(201105008-4);; 浙南沿海铜藻海藻场建设与生态修复技术示范项目(浙海渔计[2010]205号);; 国家产业技术体系建设任务书(CARS-50)
【所属期刊栏目】上海海洋大学学报
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