【摘要】运用BCC模型对2005—2016年间北京市企业、高校、科研机构的专利产出效率进行测算,并对其差异性进行稳健性分析,并通过DEA-malquist指数方法探究效率的动态变化及原因,最后利用灰色关联分析模型探究内部投入结构对专利产出效率的影响。研究结果表明综合专利产出效率从高至低依次为企业、高校、科研机构。三者的效率总体上均在逐年提高,其中,企业主要来自于技术进步,高校与科研机构是技术进步效应和规模效率降低的复合作用效果。三者的内部投入结构的专利产出效应存在较大的差异。对此,对三大主体创新效率的提高,从动态优化的角度提出了政策建议。