【摘要】文章以产出为导向,充分考虑非合意产出构建投入—产出指标体系对效率测度且进行时空差异分析,在此基础上,选取典型影响因素采用Tobit模型对其作用路径及强度进行估计检验并给出解释。研究结果显示:区域水生态安全创新系统效率呈现东部、东北、西部、中部阶梯式分布;东、中部效率均处于不断上升趋势,但东北和西部地区效率波动且处于下降趋势;从变异系数来看,区域内省际创新效率处于收敛状态;地区发展水平、高新技术产业结构、教育水平和城镇化水平对水生态创新效率存在明显促进作用,水资源禀赋对其存在负面影响,外资引进和对外开放未通过显著性检验。文章据此提出相关政策建议。