【摘要】目前我国高校内部审计对科研项目的重点在有关科研经费财务收支的问题上,科研项目的科学价值和社会效益并没有成为关注的内容。文章从当前高校内部审计在科研经费管理中的作用和内容入手,分析当前科研经费内部审计存在的问题,根据高校管理及科研项目特点,探讨高校开展科研经费效益内部审计的思路。