【摘要】主体功能区规划的实施深化了流域中各主体功能区的相关利益和发展程度的不均衡,进而影响到流域生态补偿机制的顺利实施与运行。文章基于主体功能区的视角,运用有限理性进化博弈模型,构建生态功能区与经济发展区的博弈收益矩阵,分别分析利益群体的复制动态系统及其进化稳定策略,并用雅克比矩阵对均衡点的抗扰动稳定性进行了分析,据此提出了发展与完善我国主体功能区流域生态补偿机制的政策建议。