【摘要】创新生态系统是城市和区域创新活动赖以生存和发展的土壤,它是一个由创新主体、创新组织和创新环境等要素组成的动态性开放系统,城市创新生态系统是创新生态系统的子系统。根据创新生态系统理论,提出城市创新生态系统是城市的创新主体、创新资源及创新环境相互作用和相互影响构成的有机整体,并基于创新主体、创新资源和创新环境等子系统,构建城市创新生态系统评价指标体系,采用层次分析方法,对北京和上海的城市创新生态系统进行对比分析。结果发现,北京城市创新生态系统整体上具有优势。北京创新资源比较丰富,拥有大量的高等学校及科研机构,技术环境和服务环境较为优良,拥有较强的自主创新能力,技术交易市场更为活跃,科技创新基础服务设施相对完善,创新服务机制更加优质,但创新市场机制不完善,法制建设有待健全,市场开放程度不高;上海集聚了更多规模以上工业企业,其市场环境、生态环境及法制环境更为完善,更加注重市场化建设,吸引外商投资能力较强,但服务环境和技术环境相对欠佳,自主创新能力有待提升,技术交易市场及科技创新基础服务设施建设亟待完善。