人IDE基因启动子生物信息学分析
2018-08-10分类号:Q811.4
【部门】湖北科技学院糖尿病心脑血管病变湖北省重点实验室 湖北科技学院基础医学院
【摘要】对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000bp序列.Promoter2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时,JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303~1 705bp之间,大小为403bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.
【关键词】生物信息学分析 IDE基因 5’调控区 转录因子 启动子
【基金】湖北省自然科学基金项目(2018CFB850);湖北科技学院糖尿病专项基金项目(2016-18XZ12).*
【所属期刊栏目】华中师范大学学报(自然科学版)
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