甜荞热激转录因子基因家族的鉴定及生物信息学分析
2018-08-08分类号:S517
【部门】贵州师范大学甜荞产业技术研究中心
【摘要】利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA–binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD)。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。
【关键词】甜荞 热激转录因子 生物信息学分析 保守基序 系统发育分析
【基金】国家自然科学基金项目(31471562,31660366);; 国家现代农业产业技术体系荞麦育种岗位科学家专项资金项目(CARS–08–A4);; 贵州省高层次创新型人才培养计划项目(20154020);; 贵州省科技合作计划项目(黔科合LH字[2015]7770号);; 贵州省科技计划项目(黔科合LH字[2017]7364号);; 贵州师范大学资助博士科研项目(11904/0517051)
【所属期刊栏目】湖南农业大学学报(自然科学版)
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