【摘要】目的:调查评估2006─2016年云南省36个县新型农村合作医疗保险基金运行情况及运行效率。方法:基于分层抽样法选取云南省12个市州的36个县,由当地医保部门填报2006—2016年新型农村合作医疗数据,运用SPSS 22.0软件进行汇总、整理和描述性分析利用数据包络分析(DEA)模型计算各年份基金运行效率得分。结果:2006─2016年云南省农民参合率及统筹基金总额逐年提高;新型农村合作医疗保险基金的综合效率和纯技术效率较低,规模效率相对较高,综合效率主要受纯技术效率影响。结论:云南省2006─2016年新型农村合作医疗运行情况良好,参合率与筹资水平逐年提高,基金结余趋向稳定,基金运行的综合效率主要受纯技术效率影响,存在投入浪费,仍需进一步提高基金管理水平。