【摘要】本文采用主成分分析与DEA指数模型相结合的方法,通过提取主成分将多种投入和产出降维,在此基础上运用DEA-Malmquist指数模型对正处在经济转型期的科技型中小企业以及大型企业创新效率进行评价并做出对比分析,评价结果表明:在2013—2015年的经济转型期间,科技型中小企业和大型企业的创新效率均呈下降趋势,且科技型中小企业的创新效率下降更快。对比结果发现:科技型中小企业在资源配置及企业管理上与大型企业有较大差距,同时其技术进步不足也是科技型中小企业创新效率低下的重要原因。最后,本文通过行业及创新模式划分,寻找影响科技型中小企业创新效率的实质性因素。研究结果发现:经济转型时期的科技型中小企业在资金和管理投入上较大型企业而言存在差距,未来通过自主研发及提高企业管理能力对发挥科技型中小企业的作用至关重要。