基于全基因组的毛竹同义密码子使用偏好性分析
2017-02-20分类号：S795.7
【部门】浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地
【摘要】密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用Codon W软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,确定了毛竹的最优密码子。结果显示:毛竹密码子第1位和第3位的G+C含量明显高于第2位,表现出对以G或C碱基开头和结尾的密码子发生强烈偏向使用,且确定的26种最优密码子均以G/C碱基结
【关键词】植物学 毛竹 密码子偏好性 最优密码子
【基金】浙江省自然科学基金资助项目(Y307499,LY13C160011);; 国家自然科学基金资助项目(30901155);; 浙江省大学生新苗人才计划项目(2015R412020)
【所属期刊栏目】浙江农林大学学报
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